Barrapunto

Creo que el párrafo que citas se debe interpretar como sigue:
Una vez que un programa ha sido puesto bajo licencia GPL, ninguna de sus redistribuciones puede ser patentada. Y si lo es, entonces debe ser licenciada para el libre uso de cualquiera.
Sin embargo la situación sobre la que discutimos es justo la inversa: la patente ya existe previamente a la escritura del programa. Por lo tanto, o bién el propietario de la patente la ha licenciado de forma que sea de libre uso, o bién retiene sus derechos sobre ella y hay que pedirle permiso cada vez que se escriba un programa que la use.
Me explico mejor: La GPL protege de patentes a "posteriori", pero no es aplicable cuando la patentes existe previamente, salvo renuncia explícita del propietario de la patente a sus derechos sobre ella.
Quizá esté equivocado, pero a falta de un experto legal en temas de patentes, lo mejor es curarse en salud.